Con varias opciones encima de la mesa, Caparrós acepta la oferta de
Augusto César Lendoiro y ficha por el
Deportivo de la Coruña, club en el que permanecería dos temporadas
(2005-2007).
En una época de reconstrucción en Coruña,
Lendoiro y Caparrós consiguen dar forma al conjunto gallego, haciendo debutar en primera división a jugadores como
Verdú, Filipe Luis, Adrián, etc.. Sin embargo, tras la finalización de su segunda temporada en el club, el técnico decide afrontar nuevos retos y ficha por el
Athletic Club de Bilbao.
Desde la temporada
2007-2008 es la cabeza visible del conjunto vasco. Nuevamente, el sevillano demuestra el buen hacer con la cantera.
Lezama es cuna de grandes talentos y el entrenador andaluz ha sabido sacarle provecho. Muy observador y en constante búsqueda del equilibrio del equipo y el club,
Caparrós está haciendo más grande, si cabe, a uno de los históricos de la liga española,
identificándose plenamente con su filosofía, única en el mundo del futbol.
A sus órdenes, jugadores como
Javi Martínez, Iker Muniaín, Fernando Llorente o Toquero han crecido exponencialmente como futbolistas. Además, el equipo dirigido por Caparrós, ha logrado un subcampeonato de
Copa del Rey, la clasificación para la
UEFA Europa League (temporada 2008-2009), jugar la final de la
Supercopa de España (2009-2010) y consiguió nuevamente clasificar al
Athletic de Bilbao para competiciones europeas en la
temporada 2010-2011.
Tras su salida del club bilbaíno con el cambio de Presidente en Junio de 2011 y con un increíble apoyo por parte de la afición, Caparrós decide lanzarse a su primera experiencia fuera de nuestras fronteras. Con varias ofertas sobre el tapete, el utrerano decide apostar por lo propuesto desde el
NeuchatelXamax de Suiza en Julio de 2011. Por diversos motivos extradeportivos, Joaquín Caparrós y el Xamax ponen fin a su relación apenas dos meses después de su incorporación, aunque como el técnico español expresaba “ha sido corto pero realmente intenso. Me quedo con lo positivo de la experiencia, que ha sido mucho”.
Con la mente puesta en seguir mejorando como técnico e implementar nuevas técnicas y tácticas de entrenamiento, Caparrós recibe una oferta del
R.C.D. Mallorca tras la salida de Michael Laudrup del club bermellón. El 4 de Octubre se sellaría su incorporación al club mallorquín.
Con la mente puesta en el futuro y haciendo gala de su tesón, transparencia, exigencia y capacidad motivadora, el técnico español seguirá dando mucho que hablar en un futuro próximo.