Apasionado del fútbol desde su nacimiento, llegó a militar en las categorías inferiores del Sevilla F.C. y Real Madrid, así como en el Leganés C. F., Pegaso, Tarancón, San José obrero y en la Unión Balompédica Conquense.
Metódico, muy trabajador y hasta cierto punto algo obsesivo con la ciencia del balón, Joaquín Caparrós se desvinculó del fútbol en activo varios años, si bien nunca completamente ya que se encontraba inmerso en una etapa cuyo objetivo principal era implementar su faceta de técnico. Con la mirada fijada en llegar a ser entrenador de fútbol de calado y teniendo como referente al artífice del mejor Albacete de la historia, Benito Floro, el sevillano debutaba en los banquillos al frente del San José Obrero C. F. Tras tres temporadas como técnico del conjunto conquense (1981-1984), da un paso importante en su carrera, pasando a entrenar en categoria nacional al equipo del Campillo C. F (1984-1986).En las dos temporadas al frente de este equipo, vuelve a demostrar su tesón y gran ética de trabajo.
El siguiente destino de su carrera será el C.F. Gimnástico de Alcázar (1990-1992) que por entonces militaba en la tercera división del fútbol español. Con el sevillano en el banquillo, el club se clasifica para la fase de ascenso a Segunda división B. Repetiría hito en la temporada siguiente con la U. B. Conquense (1992-1993) clasificando al equipo para la fase de ascenso. Poco a poco, el crédito del técnico utrerano va ganando enteros. La constancia, la franqueza, la transparencia, su afán de superación, aprendizaje y el ser un gran motivador son sus principales cartas de presentación.
Con este bagaje acoge sus dos siguientes retos. En la temporada 1994-1995 dirige al Manzanares C. F. y un año más tarde, temporada 1995-1996, se hace con los mandos del Moralo C.P. de la ciudad extremeña de Navalmoral de la Mata, al que también califica para la fase de ascenso a Segunda División B.
En la temporada 1999-2000, llega a la ciudad castellonense. A pesar de permanecer únicamente siete jornadas en el conjunto amarillo, el sevillano expresaba lo siguiente: “Mi paso por allí fue corto, pero muy intenso. Fue enriquecedor y me sirvió para madurar. Siempre he dicho que no me arrepiento de haber estado en el Villarreal”. Cabe destacar también que durante estas últimas dos temporadas (1998-2000) el técnico se hizo cargo de la Selección Andaluza de Fútbol. Ya en el año 2000, Joaquín Caparrós formaliza su situación contractual con el Sevilla F.C. en el que militaría las siguientes cinco temporadas (2000-2005).
Sin duda el entrenador sevillano es parte más que vital de los éxitos cosechados por el conjunto andaluz durante las últimas campañas. A las órdenes de Caparrós, los jugadores del Sevilla C.F. logran clasificarse para disputar la UEFA en dos ocasiones (2003-2004 y 2004-2005).
En la faceta extradeportiva, cabe destacar que gracias al buen hacer del técnico, en estrecha colaboración con la Dirección Deportiva y el Consejo de Administración, con su presidente al frente, el club logra una etapa de gran bonanza económica tras la venta de los canteranos José Antonio Reyes y Sergio Ramos al Arsenal y R. Madrid o el fichaje y posterior venta de Julio Baptista.
Con varias opciones encima de la mesa, Caparrós acepta la oferta de Augusto César Lendoiro y ficha por el Deportivo de la Coruña, club en el que permanecería dos temporadas (2005-2007). En una época de reconstrucción en Coruña, Lendoiro y Caparrós consiguen dar forma al conjunto gallego, haciendo debutar en primera división a jugadores como Verdú, Filipe Luis, Adrián, etc.. Sin embargo, tras la finalización de su segunda temporada en el club, el técnico decide afrontar nuevos retos y ficha por el Athletic Club de Bilbao.
A sus órdenes, jugadores como Javi Martínez, Iker Muniaín, Fernando Llorente o Toquero han crecido exponencialmente como futbolistas. Además, el equipo dirigido por Caparrós, ha logrado un subcampeonato de Copa del Rey, la clasificación para la UEFA Europa League (temporada 2008-2009), jugar la final de la Supercopa de España (2009-2010) y consiguió nuevamente clasificar al Athletic de Bilbao para competiciones europeas en la temporada 2010-2011.
Con la mente puesta en seguir mejorando como técnico e implementar nuevas técnicas y tácticas de entrenamiento, Caparrós recibe una oferta del R.C.D. Mallorca tras la salida de Michael Laudrup del club bermellón, tras temporada y media en el club balear, en Febrero de 2012 se decide, por el bien del club, romper de mutuo acuerdo la relación contractual.
En el verano de 2014 aceptó el reto de entrenar al Granada C.F, un club en plena progresión con un proyecto muy ilusionante pero que abandonó, de mutuo acuerdo con el club, en Enero de 2015.
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